Gjykatën Kushtetuese e përbëjnë nëntë gjykatës. Kryetarin e zgjedh Gjykata nga radhët e gjykatësve për një mandat prej tre vitesh, pa të drejtë rizgjedhjeje. Gjykatësit zgjidhen nga Kuvendi i Republikës së Maqedonisë për një mandat prej nëntë vitesh, pa të drejtë rizgjedhjeje. Gjykatësit e Gjykatës Kushtetuese zgjidhen nga radhët e juristëve të shquar.
Funksioni i gjykatësit të Gjykatës Kushtetuese është i papajtueshëm me kryerjen e një funksioni tjetër publik, profesioni ose anëtarësimin në një parti politike. Gjykatësit gëzojnë imunitet si edhe deputetët e Kuvendit të Republikës së Maqedonisë. Për imunitetin e gjykatësve vendos Gjykata në një procedurë të parashikuar me Aktin e Gjykatës. Gjykatësit nuk i nënshtrohen obligimit në forcat e armatosura.
Sigurimi i pavarësisë së gjyqësisë kushtetuese është kërkesa themelore që ngrihet gjatë zgjidhes së çështjeve në lidhje me përbërjen dhe mënyrën e zgjedhjes së gjykatësve të Gjykatës Kushtetuese, që është një plotësim i domosdoshëm i pavarësisë parimore të gjyqësisë kushtetuese nga parimet e organizimit të pushtetit. Megjithatë, pikërisht në planin e përbërjes, respektivisht nëpërmjet zgjedhjes së gjykatësve të Gjykatës Kushtetuese, përveç planit të financimit të saj, organet vendimmarrëse politike mund të kenë ndikimin më të madh në kryerjen e funksionit gjyqësor kushtetues. Është e padiskutueshme që organi ligjvënës, nëpërmjet zgjedhjes, respektivisht përcaktimit të përbërjes së personelit të Gjykatës Kushtetuese, në mënyrë indirekte është në një rol për të ndikuar edhe në realizimin e rolit të këtij organi kushtetues. Mundësia e një ndikimi të tillë me Kushtetutën është shumë e kufizuar, duke marrë parasysh se mandati i gjykatësve është nëntë vjet, që nuk përkon me mandatin e organit përfaqësues, se funksioni i gjykatësit është i papajtueshëm me anëtarësimin në një parti politike, se Gjykata Kushtetuese vendos vetë se kur do të pushojë funksioni i një gjykatësi sipas kushteve të përcaktuara me Kushtetutë. Sipas Kushtetutës, dy gjykatës të Gjykatës Kushtetuese propozohen nga Presidenti i Republikës. Këshilli Gjyqësor i Republikës propozon dy gjykatës të Gjykatës Kushtetuese nga radhët e gjykatësve. Në pajtim me përcaktimin kushtetues me Amendamentin XV të Kushtetutës, Kuvendi zgjedh tre gjykatës me shumicë votash nga numri i përgjithshëm i deputetëve, me ç’rast duhet të ketë shumicë votash nga numri i përgjithshëm i deputetëve që u përkasin bashkësive që nuk janë shumicë në Republikën e Maqedonisë.
Plotësim i domosdoshëm i bazave të pavarësinë së Gjykatës Kushtetuese, të cilat rrjedhin nga pozita e saj në sistemin kushtetues dhe nga mënyra e përzgjedhjes së gjykatësve, është sigurimi i pavarësisë materiale të Gjykatës nga organet e pushtetit shtetëror që përcaktojnë dhe realizojnë buxhetin e shtetit. Në këtë kuptim, vlen të shënohet se çështjet e natyrës materiale kanë një ndikim të pavolitshëm në realizimin e plotë të rolit të Gjykatës Kushtetuese. Domethënë, pozicioni i pavarur dhe autonom i Gjykatës, i përcaktuar me Kushtetutë, do të ishte edhe më i plotë dhe realisht i arritshëm, nëse do të kishte pavarësi më të madhe materiale. Tani për tani, mjetet për punën e Gjykatës Kushtetuese sigurohen në Buxhetin e Republikës pa ndonjë ndikim të madh në Gjykatë.
Gjykata Kushtetuese detyrat me kompetencë të saj i kryen në senacë në përbërje të plotë, ndërsa vendimet i miraton me shumicë votash nga numri i përgjithshëm.
Para vendimmarrjes në seancat e rregullta, Gjykata mund të mbajë seanca përgatitore dhe diskutime konsultative. Gjykata organizon diskutime publike nëse e konsideron të nevojshme, përveç në rastet e vendimmarrjes për një kërkesë për mbrojtjen e të drejtave individuale, kur vendimi miratohet sipas rregullit në bazë të diskutimit publik. Për çështje që lidhen me organizimin e brendshëm dhe mënyrën e punës, Gjykata edukon komisione të përhershme dhe të përkohshme.
Punët profesionale Gjykata i kryen nëpërmjet organizimit të një shërbimi të posaçëm.