Надлежноста на Уставниот суд на Република Северна Македонија е утврдена само со Уставот.
Во повеќе закони се среќаваат одредби во кои се утврдува обврска на определени органи во определени ситуации да поднесат иницијатива пред Судот за поведување постапка за оценување уставноста или законитоста на одделни акти, но тие не претставуваат извор на надлежноста на Судот. Во таа смисла доколку, на пример, актот што се оспорува нема карактер на пропис, Уставниот суд нема да ја прифати иницијативата на органот, иако нејзиното поднесување било резултат на законска обврска.
Според Уставот, Уставниот суд ги има следните видови надлежност:
Контрола на уставноста и законитоста
Во рамките на оваа надлежност Уставниот суд одлучува за согласноста на законите со Уставот, за согласноста на колективните договори и другите прописи со Уставот и законите, како и за уставноста на програмите и статутите на политичките партии и здруженија на граѓани.
Контролата на уставноста и законитоста на нормативните акти се остварува како апстрактна и а постериори, односно таа е можна само врз важечки акти. Превентивната контрола не е предвидена како можност во Уставот, дури ни за меѓународните договори. Статусот на меѓународните договори во правниот систем, од аспект на надлежноста на Уставниот суд, сам по себе е недоволно јасен, а во практиката на Судот засега преовладува сфаќањето дека тие не може да бидат предмет на уставносудска оценка. Како исклучок од правилото дека Судот оценува само важечки акти, во Актот е предвидена можност Судот да одлучува за уставноста и законитоста на нормативен акт што престанал да важи откако е поведена постапката за оценување неговата уставност и законитост.
Освен законите, колективните договори и програмите и статутите на политичките партии, чија идентификација е едноставна, пред Судот може да се оспорат различни видови други нормативни акти кои на општ начин регулираат определени прашања (правилници, уредби, одлуки итн. на државните и органите на локалната самоуправа или на организации што вршат јавни овластувања). При тоа, Судот ја прифаќа надлежноста и кога се работи за акт кој не ја задоволува формата на пропис, но очигледно регулира одредени прашања на општ начин. Во рамките на оваа надлежност, Судот може да одлучи за уставноста или законитоста на актот во целина или во одделни делови и членови, во зависност од наводите во иницијативата и сопствената оценка.
Заштита на слободите и правата на човекот и граѓанинот
Според Уставот, Уставнот суд ги штити слободите и правата на човекот и граѓанинот што се однесуваат на слободата на уверувањето, совеста, мислата и јавното изразување на мислата, политичкото здружување и дејствување и забраната на дискриминација на граѓаните по основ на пол, раса, верска, национална, социјална и политичка припадност.
За разлика од апстрактната нормативна контрола, предмет на оценка во рамките на оваа надлежност се поединечните акти и дејствија на органите на јавната власт за кои граѓанинот смета дека му повредуваат некое од наведените уставни права. Покрај непосредноста на барањето (уставна жалба) за заштита на правата повредени со поединечен акт или дејствие, втора карактеристика на оваа надлежност е тоа што предмет на оспорување може да биде не само управен акт, туку и судска одлука во која било инстанца.
Без оглед на тоа што воведувањето на оваа надлежност со Уставот од 1991 година претставува значајна новина во традицијата на уставното судство во Република Македонија, нејзината ограниченост само на наведените три групи слободи и права се покажува како сериозна пречка за позначајно навлегување на Судот во непосредна заштита и на другите уставни слободи и права на човекот и граѓанинот.
Решавање на судир на надлежност
Во остварувањето на оваа класична надлежност на уставното судство, Уставниот суд решава за судирот на надлежностите меѓу носителите на законодавната, извршната и судската власт, како и за судирот на надлежностите меѓу органите на Републиката и единиците на локалната самоуправа. Насочена кон заштита на принципот на поделбата на власта и кон заштита на локалната самоуправа, како темелни вредности на уставниот поредок на Република Северна Македонија, оваа надлежност може да се воспостави подеднакво и во случај на позитивен и во случај на негативен судир на надлежност меѓу органите. Во практиката, меѓутоа, ретко се покренувани вакви спорови, но Судот многу често суштински решава вакви судири преку контрола на уставноста на нормативните акти со кои на определени органи им се пропишуваат надлежности кои според Уставот не им припаѓаат.
Одлучување за одговорноста на Претседателот на Републиката
Устaвниот суд одлучува за одговорноста на претседателот на Републиката за кршење на Уставот и законите во вршењето на неговите права и должности, на предлог на Собранието на Република Северна Македонија. Собранието го утврдува предлогот за поведување постапка со двотретинско мнозинство гласови од вкупниот број на пратеници. Доколку Уставниот суд со двотретинско мнозинство на судиите утврди одговорност, на претседателот му престанува функцијата по сила на Уставот.
Други надлежности
Уставниот суд по службена должност го утврдува настапувањето на условите за престанок на функцијата претседател на Републиката. Тие услови се смрт, оставка, трајна спреченост за вршење на функцијата и престанок на мандатот на претседателот по сила на Уставот (на пример, поради протекот на времето за кое е избран). Оваа надлежност е значајна не само заради создавање услови за избор на нов претседател, туку и затоа што престанокот на функцијата на претседателот ја активира одредбата според која до изборот на нов претседател, функцијата претседател на Републиката ја врши претседателот на Собранието.
Уставниот суд уште одлучува за имунитетот на претседателот на Републиката, како и за имунитетот на судиите на Судот.