Постапката пред Уставниот суд се уредува со Деловник на Судот кој се објавува во “Службен весник на Република Македонија”. Мотивот на уставотворецот за таквото решение е обезбедување на автономност и целосна независност на Уставниот суд во однос на Собранието и другите државни органи.
Во однос на надлежноста, Деловникот предвидува различни постапки пред Уставниот суд.
Контрола на уставноста и законитоста
Пред Уставниот суд секој може да поднесе иницијатива за поведување постапка за оценување уставноста на закон или уставноста и законитоста на друг пропис, како и уставноста на програмите и статутите на политичките партии и здруженијата на граѓани. Поднесувањето на иницијативите не е врзано со постоењето правен интерес на подносителот. Потребно е само иницијативата да биде составена во соодветна форма, односно прецизно да е определен актот што се оспорува, причините поради кои се оспорува актот, кои уставни или законски одредби се повредуваат со оспорениот акт и кој е иницијаторот.
Судот материјално расправа и одлучува по иницијативите ако оспорениот акт е од општ карактер и ако е во важност. Доколку има основи за сомнение, Судот прво поведува постапка, а во втора фаза касира (укинува или поништува).
Постапка за оценување уставноста и законитоста Судот може да поведе и по сопствена иницијатива, било во рамките на постојната иницијатива или покрену-вајќи целосно своја иницијатива.
Заштита на слободите и правата на човекот и граѓанинот
Постапката за заштита на слободите и правата на човекот и граѓанинот, што се однесуваат на слободата на уверувањето, совеста, мислата и јавното изразување на мислата, политичкото здружување и дејствување и забраната на дискриминација по основ на пол, раса, верска, национална, социјална и политичка припадност, се поведува со барање (уставна жалба) од секој кој смета дека некои од наведените слободи и права се повредени со конечен или правосилен акт или со дејство. При тоа, барањето треба да е составено во соодветна форма односно во него треба да е определен актот или дејството со кое се повредуваат слободите и правата, фактите и доказите за тоа, причините поради кои се бара заштитата и други релевантни податоци.Покрај фактот дека овој вид надлежност е ограничена во својот обем, таа има други две главни карактеристики: прво, не само управни, туку исто така и судски одлуки и акти на носителите на јавната власт можат да бидат оспорени; и второ, поднесувањето на такво барање не наложува претходно исцрпување на сите правни средства против конечен или правосилен акт. Инаку, постапката се смета за поведена со самото поднесување на барањето, така што останува Судот само материјално да се произнесе по барањето. По правило, за заштита на слободите и правата Уставниот суд одлучува врз основа на одржана јавна расправа, на која задолжително се поканува и народниот правобранител. Заради заштита на слободите и правата Судот може да го поништи поединечниот акт, да го забрани дејството со кое е сторена повредата или да го одбие барањето. Оваа постапка се заснова на начелата на приоритет и итност.
Решавање на судир на надлежност
Постапката за решавање на судир на надлежности помеѓу носителите на законодавна, извршна и судска власт, како и судирот на надлежности помеѓу нив и единиците на локалната самоуправа, се поведува на предлог на секој од органите меѓу кои настанал судирот (позитивен или негативен судир), како и врз основа на предлог од секој субјект чии права се повредени како резултат на тој судир. Предлогот треба да е составен во соодветна форма односно во него да е определен предметот околу кој настанал судирот, органите меѓу кои настанал судирот и да се означени конечните или правосилните акти со кои двата органи ја прифатиле или одбиле надлежноста да одлучуваат по ист предмет.
Инаку, постапката се смета за поведена со поднесување на предлогот, па останува Судот само материјално да се произнесе по предлогот. Со одлуката Уставниот суд го определува органот кој е надлежен за одлучување по предметот.
Одлучување за одговорноста на Претседателот на Републиката
Постапката за утврдување на одговорноста на претседателот на Република Македонија се поведува на предлог на Собранието на Република Македонија, кој треба да биде одобрен од 2/3 од вкупниот број пратеници. Предлогот треба да е составен во соодветна форма односно да содржи опис, како и докази, за повредата на Уставот и на законот која му се става на товар на Претседателот на Републиката. По предлогот постапува комисија составена од тројца судии на Уставниот суд така што ги испитуваат околностите, фактите и доказите што се од значење за одлучување на Судот. Во таа постапка пред Судот, учествува и Претседателот на Републиката кој може да даде мислење за наводите во предлогот. Инаку, постапката се смета за поведена со самото поднесување на предлогот и останува Судот директно да одлучи за одговорноста на претседателот на Републиката.
Други постапки
Постапката за утврдување на настапувањето услови за престанок на функцијата на Претседателот на Републиката поради смрт, оставка, трајна спреченост да ја врши функцијата или престанокот на мандатот по сила на Уставот, започнува и се води од Уставниот суд по службена должност.
Постапката за одземање на имунитетот на Претседателот на Републиката се поведува по предлог на надлежен орган пред кој е поднесено барање за поведување казнена постапка. Постапката за утврдување на трајно загубување на способноста на судија на Уставниот суд за извршување на својата функција, како и постапката за одземањето на неговиот имунитет, ја започнува и ја води Уставниот суд на седница. Секоја од наведените три постапки се води така што Судот определува комисија составена од тројца судии кои ги испитуваат околностите, фактите и доказите од значење за одлучување на Судот.